Le convoi arriva sans encombre jusqu’à Puebla. Ainsi, l’armée de Forey put prendre la ville aux rebelles mexicains en mai 1863. Les légionnaires, quant à eux, continuèrent leur mission de protection de la voie. Ces derniers comprenaient de mieux en mieux la stratégie des rebelles : la guérilla. Lorsque ces derniers étaient en position de force, ils attaquaient, dans le cas contraire, ils fuyaient. C’est afin de lutter contre ce système que fit mit en place la contre- guérilla du colonel Dupin ; une troupe d’hommes du pays (connaissant les dangers du terrain.), avides de richesses & de vengeance.

Forey parvint à chasser Juarez de Mexico. La, en juillet 1863, une assemblée de notables offrit la couronne Impériale à l’archiduc Maximilien d’Autriche, qui mettra plus d’un an à l’accepter…

Les légionnaires quant à eux ne purent quitter les terres chaudes qu’au début de l’année 1864. De nombreux légionnaires avaient été victimes du vomito, des renforts furent donc envoyés d’Algérie.

Les légionnaires reçurent la tâche de pacifier l’État de Puebla. Multipliant les marches, affrontant les guérilleros, fortifiant les villages visités, le Régiment parvint non sans mal à faire régner l’ordre. Mais un obstacle leur barrait la route : la ville d’Oaxaca, fief du chef rebelle Porfirio Diaz.

            Le général Bazaine (qui avait remplacé Forey.) mena lui même les opérations contre cette ville. Faisant transporter le matériel de siège jusqu’à ce point, les opérations commencèrent en fin 1864. Mais les Mexicains ne résistèrent pas bien longtemps. En février 1865, Porfirio Diaz signa la reddition d’Oaxaca. Des milliers de Mexicains se trouvaient dans la ville lors de sa chute. Tous ne pouvaient pas être emprisonnés et furent donc relâchés ; quelques jours après ils avaient pour la plupart rejoint les guérilleros du nord.