La reine de Brobdingnag, souhaitant en savoir plus sur l'Angleterre, interroge Gulliver à ce sujet. C'est l'occasion pour l'auteur de se livrer à une critique du système politique anglais, dénonçant la corruption de la noblesse, les lenteurs de la justice, la mauvaise gestion du déficit budgétaire, les guerres perpétuelles, les mauvaises conditions de vie des pauvres, etc.

Après avoir été vertement sermonné par la reine, Gulliver est emporté par un aigle alors qu'il se promenait près d'une falaise. Tombant à l'eau, il est sauvé par des marins, qui le ramènent en Angleterre.

Deux ans après sont retour chez lui, Gulliver reprend la mer, se dirigeant vers l'Asie. Ce dernier, enlevé par des pirates, est abandonné sur un îlot rocheux, où il est sauvé par l'arrivée de l'île volante de Laputa.  

Gulliver secouru par l'île volante de Laputa.

Cette dernière est consacrée aux arts de la musique et des mathématiques, mais ses habitants, plongés dans la méditation, sont incapables de mettre leur connaissances en pratique. Les femmes de Laputa, quant à elles, étant écartées des écoles et délaissées par leurs maris, sont décrites comme infidèles par l'auteur.

Gulliver, suite à son arrivée, est présenté au roi de Laputa, qui lui explique qu'il récolte les impôts en survolant les cités de l'île de Balnibarbi. Toutefois, les habitants de Lindalino (anagramme de Dublin), refusent de payer la taxe. Le roi de Laputa ordonnant de bombarder la ville, les assiégés utilisent quatre aimants pour repousser au loin l'île volante (symbolisant les velléités d'autonomie de l'Irlande vis-à-vis de l'Angleterre).

Gulliver, pris d'ennui, décide de quitter Laputa lors du survol de Lagado, capitale du royaume de Balnibarbi. A cette occasion, il se rend compte que le pays est dans un état de délabrement extrême, et décide alors de se rendre à l'Académie des systèmes, regroupant la plus grands cerveaux du royaume.

Gulliver rencontre ainsi de nombreux savants, chacun exposant ses différentes théories : abolir les mots afin de limiter l'usure des poumons ; apprendre aux aveugles à différencier les couleurs de peinture par l'odorat ; découvrir les complots par l'étude des excréments des suspects ; labourer les champs grâce à une charrue à voile (le tout étant une critique de la Royal Society, organisation fondée en 1667 et regroupant les plus grands scientifiques de Grande Bretagne).    

Quittant l'Académie, Gulliver se rend ensuite sur l'île de Gloubbdoubdrib, en attendant l'arrivée d'un navire pouvant le transporter jusqu'au Japon. Pendant cette escale, son hôte, un magicien, lui permet de discuter avec les fantômes du passé : Gulliver s'entretient donc avec Homère, flatté que les hommes s'intéressent encore à ses œuvres, avouant toutefois que ces dernières étaient parsemées de sottises, et que ses textes perdaient leur harmonie rythmique une fois traduits en anglais (Swift revenant ainsi sur la querelle des Classiques et des Modernes, que nous avons vu plus tôt).

Par la suite, Gulliver se accoste sur l'île de Luggnagg, peuplée d'immortels nommés les Struldbrugs. Ces derniers proposent au héros de faire partie de leur communauté ; cependant, comme Gulliver se rend compte que les Struldbrugs ne sont pas épargnés par les affres de la vieillesse, il décide de quitter l'île et se rend au Japon, prenant ensuite un navire pour l'Angleterre.

Après avoir passé cinq mois chez lui, Gulliver prend la mer une nouvelle fois, en direction des Antilles. Toutefois, son équipage se mutine, et le héros est abandonné sur une petite île. Cette dernière est peuplée de chevaux intelligents, les Houyhnhnms, régnant sur une tribu d'humain primitifs, les Yahous.

Gulliver s'adressant aux Houyhnhnms, par Sawrey GILPIN, XVIII° siècle.

Gulliver se rend rapidement compte que les Houyhnhnms sont des êtres purs, étrangers à toute forme de vices ; alors qu'il est lui même considéré comme proche des Yahous par les chevaux, en raison de ses idées et de son éducation (Swift utilisant cette métaphore pour critiquer les mœurs de ses semblables).

Les Houyhnhnms, ne connaissant ni la guerre, ni la corruption, ni le luxe, ni le mensonge, décident finalement de bannir Gulliver, alors que ce dernier souhaitait faire partie du peuple des chevaux. Quittant l'île, le héros est finalement recueilli malgré lui par un navire portugais, ce qui lui permet de rentrer en Angleterre.

Les voyages de Gulliver, à la fois roman satirique, conte philosophique, pamphlet et ouvrage de science-fiction, reste aujourd'hui une œuvre majeure de la littérature anglaise. Un statut bien éloigné de son image de livre pour enfants que l'on pourrait avoir de prime abord.