Dans un premier temps, le bouddhisme n'occupa qu'une position mineure en Inde, pays très majoritairement hindouiste. Par ailleurs, en raison de divergences théologiques, l'on assista à l'apparition de deux différents courants de pensée : le bouddhisme theravada (surnommé petit véhicule par ses détracteurs), considérant que la vie monastique est la meilleure façon d'accéder à l'éveil (les theravada rejettent l'idée d'un dieu tout puissant et ne divinisent pas le Bouddha) ; et le bouddhisme mahayana (surnommé grand véhicule), courant réformateur fortement inspiré de l'hindouisme[3].

Au III° siècle avant Jésus Christ, l'Empereur Ashoka, membre de la dynastie Maurya et unificateur de l'Inde, se convertit au bouddhisme, permettant une grande diffusion de cette doctrine sur le sol indien, mais aussi dans les royaumes frontaliers.

Les successeurs d'Ashoka favorisèrent l'essor du bouddhisme ; mais, suite à la disparition de la dynastie Maurya, vers 180 avant Jésus Christ, les monastères furent convertis en temples hindous, et de nombreux bouddhistes furent persécutés. Puis, quelques siècles plus tard, la contre-réforme hindouiste tenta d'opérer un syncrétisme, faisant du Bouddha le neuvième avatar du dieu Vishnou (selon la tradition, cette divinité protectrice se réincarne régulièrement lorsque le monde est menacé[4]).

Si le bouddhisme connut un net reflux en Inde, il se diffusa dans de nombreux pays frontaliers. Au VIII° siècle, un maître indien nommé Padmasambhava contribua à diffuser le bouddhisme au Tibet. Ce dernier, appelé par le roi Trisong Detsen, dont le pays était "assailli par des déités malfaisantes", contribua à éradiquer le bön, une religion tibétaine pré-bouddhiste. Par la suite, Padmasambhava fut vénéré comme un second Bouddha et le bouddhisme fut déclaré religion d'Etat.

A noter qu'au fil des siècles, le bouddhisme tibétain se divisa en quatre écoles principales : les Nyingmapa, les Kagyupa, les Sakyapa et les Gelugpa. En raison de la montée en puissance des monastères bouddhistes, mais aussi des nombreux affrontements entre ces différents courants de pensée, le royaume tibétain fut morcelé en plusieurs petites entités. En 1640, Güshi Khan, chef de la tribu mongole des Qoshot, décida alors d'envahir le pays, confiant le pouvoir au cinquième dalaï-lama, nommé Lozang Gyatso, chef de l'école Gelugpa (à noter que ce titre avait été cédé au troisième dalaï-lama, Sonam Gyatso, par le souverain mongol Altan Khan[5]). Les successeurs de Lozang Gyatso, maîtres du pouvoir spirituel, héritèrent aussi progressivement du pouvoir temporel (Güshi Khan s'arrogea le titre de roi du Tibet, mais ses successeurs eurent bien moins d'influence).

Le dalaï-lama, véritable chef d'Etat, conserva son autorité sur le Tibet jusqu'à l'invasion chinoise de 1950. Jusqu'à cette date, les moines empêchèrent le développement de l'industrie, afin d'éviter un "bouleversement sociétal" ; les Tibétains vivaient dans un système féodal, les paysans étant soumis aux moines ; enfin, la liberté de culte était interdite (un prêtre suisse, Maurice Tornay, fut assassiné en 1949 alors qu'il souhaitait évangéliser l'Himalaya).

L'on assista à un schéma similaire en Chine, ce pays comptant une dizaine d'écoles bouddhistes au cours du VIII° siècle. Plusieurs affrontements opposèrent les différents courants de pensée, l'école Chan (qui promouvait l'éveil par la méditation) étant particulièrement virulente.

Le bouddhisme se développa au Japon à la même période (l'école Chan devint école Zen), où l'on assista une fois encore à des conflits religieux entre bouddhistes. Au XIII° siècle, un moine nommé Nichiren fonda une école portant son nom. Ce personnage controversé, reconnu pour son intolérance, invita ses fidèles à s'attaquer aux écoles bouddhistes rivales.

Au XVI° siècle, alors que les moines de l'école Tendai profitaient de l'affaiblissement de l'autorité de l'Etat pour accroitre leur influence, ils furent attaqués par le général Oda Nobunaga, qui contribua à l'unification du Japon. Ce dernier détruisit de nombreux temples, faisant exécuter les moines perturbateurs.   

La question de la place des femmes dans la religion bouddhiste est aussi sujet à controverse. En effet, s'il existe des ordres religieux féminins (comme dans la religion catholique), les bhikkuni (c'est à dire les moniales) sont soumises à des règles encore plus strictes que leurs homologues masculins (selon la légende, Bouddha aurait refusé que les femmes puisse prendre l'habit de moine, avant de finalement accepter).

Ainsi, les bhikkuni, soumises à l'autorité de leurs homologues masculins, doivent s'incliner devant chaque moine, même si ce dernier est un novice, les femmes étant "inférieures par nature" ; se confesser devant les moines assemblés (les punitions sont administrés par ces derniers) ; ne pas insulter ou critiquer un moine (même si ce dernier peut faire des reproches à une bikkhuni).

A noter que le statut de bhikkuni pose question dans plusieurs pays d'Extrême-Orient, comme en Thaïlande ou en Birmanie, car les moniales, privées du droit d'enseigner par les autorités bouddhiques, ne bénéficient d'aucune aide de l'Etat.